L'M-346, velivolo bimotore e biposto, con comandi di volo e avionica completamente digitali, è equipaggiato con un sistema di controllo di volo fly-by-wire con ridondanza quadrupla, una moderna interfaccia uomo-macchina con display per la presentazione dati “a testa alta” (HUD – Head-up Display) e multifunzione (MFD), comandi di tipo HOTAS (Hands on Throttle And Stick) e funzionalità per la sicurezza volo come il PARS (Pilot Activated Attitude Recovery System). L’M-346 può operare in completa autonomia grazie all’ausilio di un'APU (Auxiliary Power Unit).

Il sistema di addestramento è costituito da un sistema integrato di bordo per la simulazione dell’addestramento tattico (ETTS- Embedded Tactical Training System ), che consente al velivolo di emulare sensori, armamenti e CGF (Computer Generated Forces) e permette ai piloti di operare simultaneamente, e in modo combinato, nella modalità LVC, Live (volo reale) e Virtual (le varie tipologie di simulatori) e Constructive (interfacciandosi con ogni tipo di forza/ minaccia generata dal computer).
Completano il sistema il segmento addestrativo di terra, GBTS (Ground Based Training System), composto da vari sistemi di simulazione di volo e di missione, corsi multimediali e in aula, sistemi di pianificazione della missione e di gestione dell’addestramento, e un servizio di supporto logistico integrato (ILS) che ottimizza la gestione delle flotte e dei simulatori per consentirne la massima operatività.

L’M-346 risponde efficacemente ai compiti di addestramento tattico, disponendo di un display integrato nel casco (HMD – Helmet Mounted Display), un cockpit completamente compatibile con i dispositivi per la visione notturna (NVG), comandi vocali, una sonda per rifornimento in volo e cinque punti d’attacco per diversi carichi esterni sia aria-aria che aria-suolo.